Con las reformas constitucionales del 2004, se introdujo dentro del Título IX de la Hacienda Pública, el Capítulo 4, intitulado El Tribunal de Cuentas, estableciendo la jurisdicción de cuentas con competencia y jurisdicción nacional, para juzgar las cuentas de los agentes y empleados de manejo, cuando surjan reparos por razón de supuestas irregularidades.

La Ley 67 del 14 de noviembre de 2008, deroga el Decreto de Gabinete N° 36 de 10 de febrero de 1990 y desaparece la Dirección de Responsabilidad Patrimonial de la Contraloría General de la República, dando paso a la creación del Tribunal de Cuentas, institución jurisdiccional, autónoma e independiente, con plena facultad para resolver a través de un proceso de carácter patrimonial, el resarcimiento al Estado producto de las irregularidades cometidas por servidores públicos y privados que funjan como empleados o agentes de manejo, de acuerdo a lo preceptuado en la precitada Ley.

La Ley 67 de 14 de noviembre de 2008, crea la Fiscalía de Cuentas, entidad con jurisdicción en todo el territorio de la República, competente de instruir la investigación patrimonial, practicar las pruebas y diligencias necesarias para comprobar y esclarecer los hechos que sirvan de base para elaborar la vista fiscal, al igual que ejercer la acusación pública en la etapa plenaria del proceso patrimonial que se surta ante el Tribunal de Cuentas.