Con las reformas constitucionales del 2004, se introdujo dentro del Título IX de la Hacienda Pública, el Capítulo 4, intitulado El Tribunal de Cuentas, estableciendo la jurisdicción de cuentas con competencia y jurisdicción nacional, para juzgar las cuentas de los agentes y empleados de manejo, cuando surjan reparos por razón de supuestas irregularidades.
Mediante la Ley 67 del 14 de noviembre de 2008, se deroga el Decreto de Gabinete N° 36 de 10 de febrero de 1990 y desaparece la Dirección de Responsabilidad Patrimonial de la Contraloría General de la República, dando paso a la creación del Tribunal de Cuentas, institución jurisdiccional, autónoma e independiente, con plena facultad para resolver a través de un proceso de carácter patrimonial, el resarcimiento al Estado producto de las irregularidades cometidas por servidores públicos y privados que funjan como empleados o agentes de manejo, de acuerdo a lo preceptuado en la precitada Ley.
Con la creación del Tribunal de Cuentas desaparece la Dirección de Responsabilidad Patrimonial de la Contraloría General de la República. El Tribunal de Cuentas es un organismo constitucional y legal con jurisdicción y competencia nacional para juzgar las cuentas de los agentes de manejo y los empleados de manejo cuando la Contraloría General de la República les formule reparos por encontrarles irregularidades en su actuación. Este ente jurisdiccional garantiza el cumplimiento de la Constitución Política de la República de Panamá y de la Ley en la tarea de juzgar los actos irregulares de tales empleados y agentes de manejo que afecten el patrimonio del Estado.
La Ley 67 de 14 de noviembre de 2008, crea la Fiscalía de Cuentas, entidad con jurisdicción en todo el territorio de la República, competente de instruir la investigación patrimonial, practicar las pruebas y diligencias necesarias para comprobar y esclarecer los hechos que sirvan de base para elaborar la vista fiscal, al igual que ejercer la acusación pública en la etapa plenaria del proceso patrimonial que se surta ante el Tribunal de Cuentas.
El Tribunal de Cuentas, como queda regulado en la Ley 67 de 2008, imparte justicia con independencia de la entidad encargada de ejercitar la función de fiscalización de los fondos públicos, es decir, la Contraloría General de la República, respetándose con esta medida de separación de las funciones ejercidas por ambas entidades, las garantías de un debido proceso, y el ejercicio de los derechos que asisten al procesado para una adecuada defensa.
Al constituirse el Tribunal de Cuentas con una estructura orgánica independiente en lo funcional en lo administrativo y en lo presupuestario, surge un ente especializado, que deberá fallar las causas patrimoniales sometidas a su conocimiento de acuerdo a las normas sustantivas y procesales establecidas en la Ley 67 de 2008.
Al inicio de sus funciones como Tribunal de Cuentas se recibió trescientos treinta y cuatro (334) expedientes procedentes de la Dirección de Responsabilidad Patrimonial de la Contraloría General de la República, los cuales han sido procesados y tramitados con apego a la transparencia en la gestión pública y al cumplimiento de las garantías del debido proceso.
A partir de este avance de orden constitucional el Tribunal de Cuentas asume el compromiso con el Estado y con la ciudadanía en general, de procesar los reparos producto de las irregularidades que lesionen el patrimonio público, a través de procesos ágiles, claros y transparentes, apoyado con recurso humano idóneo y los recursos adecuados que le aseguren un resultado eficaz y oportuno, así como el cumplimiento permanente de los objetivos de justicia que demanda la institucionalidad de un Estado de Derecho.
Mediante la creación del Tribunal de Cuentas, la República de Panamá, dio pasos concretos en el desarrollo de la jurisdicción de cuentas o justicia de carácter patrimonial, situándose el país con la implementación de este avance en una posición equiparable a la experiencia y esfuerzos que realizan otras naciones que han prosperado en el resarcimiento del patrimonio público, a través del desarrollo de este mecanismo idóneo de juzgamiento oportuno de irregularidades registradas en la ejecución de fondos del Estado, que a la postre lesionan el patrimonio del Estado y afectan el bienestar de la sociedad.